全自動掃描電子顯微鏡的制備腔室直接安裝于電鏡鏡筒，而制備腔室的先進的制冷系統和渦輪分子泵的安裝遠離SEM，這樣可以保證極少的物質直接進入SEM。

   全自動掃描電子顯微鏡樣本轉移直接從高真空到另一個高真空，極大的降低了樣本結霜污染的風險，同時系統使用起來更流暢，操作者無論移動樣本從制備腔室到SEM冷凍臺或反之都很方便。全自動掃描電子顯微鏡是控制平臺，人體工程學的操作平臺，友好直觀的彩色觸摸屏，可彎曲的LED燈，這些均可以幫助使用者更好的進行各項工作。

   全自動掃描電子顯微鏡面上有一個抽氣管內嵌其中，用來存放樣品傳輸裝置，當樣品傳輸裝置不用時，可以保存潔凈、干燥真空狀態，不斷變換位置的樣品安裝桿提供一個堅固的樣品裝載基座，桿上有一個樣品高度計量來確保裝載的樣品在一個可以被儀器接受的范圍內。全自動掃描電子顯微鏡操作觸屏安裝在可彎曲基座上，通過基座可以調整觸屏的角度來滿足操作儀器的人一目了然儀器的基本參數。

   全自動掃描電子顯微鏡友好直觀的彩色觸摸屏，允許用戶自定義方案，它可快速輸入和儲存以便隨時訪問調用。屏幕可設置成適合不同操作者及其喜好的模式（例如：模擬式或數字式真空測量顯示）。雖然樣品制備過程中許多關鍵步驟是自動完成的（氣鎖抽真空，升華刻蝕，濺射鍍膜等）但通過用戶友好的視頻可立刻給出進一步的幫助。